Na przełomie września i października 2025 r. rozpoczęły się szkolenia stacjonarne z części laboratoryjnej (wet-lab) i analizy wyników (dry-lab) sekwencjonowania pełnogenomowego (WGS) wybranych bakterii i wirusów. W trzydniowych szkoleniach w Narodowym Instytucie Zdrowia Publicznego PZH-PIB w Warszawie biorą udział pracownicy laboratoriów Wojewódzkich Stacji Sanitarno-Epidemiologicznych z Polski. Szkolenie i zakwaterowanie jest nieodpłatne dla pracowników Państwowej Inspekcji Sanitarnej. Łącznie w ramach projektu PLEpiSeq zapewniono miejsca dla 32 uczestników. W trakcie szkolenia kursanci zapoznają się z założeniami teoretycznymi i praktycznymi rozwiązaniami obejmującymi zoptymalizowane protokoły wykonania WGS na dwóch podstawowych platformach sprzętowych (Illumina i Oxford Nanopore). W trakcie szkolenia kluczowe jest samodzielne wykonywanie przez kursantów podstawowych etapów prac laboratoryjnych oraz poznanie niezbędnych etapów procesu obróbki surowych danych z sekwenatora, pozwalających w efekcie określić gatunek, typ genetyczny, mechanizmy antybiotykooporności oraz kluczowe w dochodzeniu ognisk zakażeń – podobieństwo genetyczne badanych patogenów. Szkolenia odbywają się w małych 8 osobowych grupach, zapewniających wszystkim uczestnikom pełny kontakt z wykładowcami i aparaturą laboratoryjną. Program szkolenia obejmuje 19 godzin ćwiczeń i konwersacji. Aktualnie trwa już druga tura szkolenia laboratoryjnego.
Szkolenie laboratoryjne jest pierwszym etapem zapoznawania się przyszłych użytkowników Platformy nadzoru genomowego PLEpiSeq z możliwościami i celem tego przygotowanego w NIZP PZH-PIB narzędzia nadzoru epidemiologicznego wspieranego wydajnymi zasobami sprzętowymi, zapewniającymi wymaganą w analizach bioinformatycznych wysoką moc obliczeniową. W drugim etapie szkoleń, planowanych na koniec października, uczestnicy części laboratoryjnej oraz epidemiolodzy z WSSE będą mogli wspólnie szkolić się z zasad efektywnego wykorzystania wyników analiz genomowych w dochodzeniu ognisk i innych działaniach nowoczesnego nadzoru epidemiologicznego.
