W dniach 23–24 października 2025 r. w Hotelu Holiday Park w Warszawie odbyła się druga część szkoleń w ramach projektu PLEpiSeq – „Platforma Nadzoru Genomowego PLEpiSeq – sekwencjonowanie pełnogenomowe patogenów na potrzeby nadzoru epidemiologicznego”.

Szkolenie było dedykowane ekspertom z zakresu epidemiologii i mikrobiologii, reprezentującym 16 Wojewódzkich Stacji Sanitarno-Epidemiologicznych (WSSE) z całej Polski. W wydarzeniu wzięło udział 64 specjalistów. Podczas dwudniowego szkolenia uczestnicy zdobywali i poszerzali wiedzę na temat nadzoru genomowego chorób zakaźnych, interpretacji wyników sekwencjonowania pełnogenomowego (WGS) oraz wykorzystania narzędzi bioinformatycznych w analizach danych genomowych.

Zajęcia obejmowały zarówno wykłady teoretyczne, jak i praktyczne ćwiczenia (w tym opracowanie studium przypadku ogniska zakażeń).

Celem ćwiczeń praktycznych było nabycie przez uczestników umiejętności w zakresie analizy i interpretacji danych WGS, opisu etapów dochodzenia epidemiologicznego z wykorzystaniem informacji genetycznych, doboru próbek w systemie PLEpiSeq, wizualizacji i interpretacji wyników oraz oceny zalet i ograniczeń metod klasteryzacji i wizualizacji filogenetycznej.

Warsztaty umożliwiły uczestnikom wymianę doświadczeń i dyskusje na różne zagadnienia dotyczące funkcjonowania krajowego nadzoru epidemiologicznego, a także wspierały współpracę interdyscyplinarną w zespołach i nawiązywanie nowych kontaktów zawodowych między stacjami WSSE. Szkolenie zostało bardzo dobrze ocenione przez uczestników, którzy podkreślali wartość kontynuacji zajęć w tej tematyce.

Szkolenie laboratoryjne jest pierwszym etapem zapoznawania się przyszłych użytkowników Platformy nadzoru genomowego PLEpiSeq z możliwościami i celem tego przygotowanego w NIZP PZH-PIB narzędzia nadzoru epidemiologicznego wspieranego wydajnymi zasobami sprzętowymi, zapewniającymi wymaganą w analizach bioinformatycznych wysoką moc obliczeniową.  W drugim etapie szkoleń, planowanych na koniec października, uczestnicy części laboratoryjnej oraz epidemiolodzy z WSSE będą mogli wspólnie szkolić się z zasad efektywnego wykorzystania wyników analiz genomowych w dochodzeniu ognisk i innych działaniach nowoczesnego nadzoru epidemiologicznego.