Celem głównym projektu jest stworzenie podstaw do długofalowego rozwoju nadzoru genomowego w Polsce poprzez opracowanie platformy wspierającej pełnogenomowe sekwencjonowanie patogenów (WGS). Platforma zostanie dostosowana do potrzeb krajowego nadzoru epidemiologicznego.

Sekwencjonowanie pełnogenomowe (WGS) jest niezbędnym narzędziem wzmacniającym nadzór epidemiologiczny i zdolności reagowania na zagrożenia ze strony chorób zakaźnych, jak pokazała to pandemia COVID-19. Nie tylko przyspieszyła ona wdrożenie nadzoru genomowego nad SARS-CoV-2 ale uwidoczniła szereg wyzwań związanych z dalszą integracją WGS do rutynowego nadzoru epidemiologicznego. Obejmują one:

• trudności związane z przechowywaniem danych WGS oraz ich udostępnianiem
• brak standardu metadanych
• brak uzgodnionego i znormalizowanego podejścia do analizy WGS
• ograniczony dostęp do narzędzi bioinformatycznych pozwalających na szybką analizę i interpretację danych WGS
• braki kadrowe, szczególnie personelu przeszkolonego w zakresie analizy i interpretacji danych WGS

W ramach projektu prowadzonych jest szereg działań, których celem jest eliminacja powyższych barier dziś często uniemożliwiających skuteczne wykorzystanie potencjału WGS w nadzorze epidemiologicznym. Opis głównych działań przedstawiono w zakładce „Obszary Tematyczne Projektu”.