Kierunkowy nadzór nad realizacją zadań projektu PLEpiSeq pełni Komitet Sterujący w skład, którego wchodzą między innymi przedstawiciele Ministra Zdrowia oraz Głównego Inspektoratu Sanitarnego. Komitet Sterujący działa pod przewodnictwem Dyrektora Narodowego Instytutu Zdrowia Publicznego PZH – PIB w Warszawie.
